主要区别是，性质不同、病因不同、临床表现不同，具体如下：

一、性质不同

1、自身免疫病

自身免疫病一般指自身免疫性疾病，是指机体对自身抗原发生免疫反应而导致自身组织损害所引起的疾病。

2、过敏反应

过敏反应是指已产生免疫的机体在再次接受相同抗原刺激时所发生的组织损伤或功能紊乱的反应。

二、病因不同

1、自身免疫病

①、自身抗原的出现。

②、免疫调节异常。

③、交叉抗原。

④、遗传因素。

2、过敏反应

先天免疫功能异常。

三、临床表现不同

1、自身免疫病

①、器官特异性自身免疫病。

②、系统性自身免疫病。

2、过敏反应

①、过敏性休克反应。

②、血液病样反应。

③、血清病样反应。

④、其它全身反应。

参考资料来源：百科-过敏反应

参考资料来源：百科-自身免疫病