免疫功能不正常地活化，则免疫系统可能对自身正常组织发生免疫应答，使得免疫细胞及活性物质攻击自身正常的组织器官，导致自身免疫性疾病，如系统性红斑狼疮、类风湿性关节炎，自身免疫性肝炎、硬皮病、干燥综合征、肾小球肾炎等。

自身免疫性疾病到目前为止缺乏治愈的手段，仅能通过免疫抑制剂、糖皮质激素等抑制自身的免疫系统功能，使病情得到控制。

如控制良好，病情稳定，则患者可长时间保有较高的生活质量，能够长年正常工作和学习；如控制较差，患者可于较短时间内出现多器官功能衰竭而导致死亡。

同时应注意长期使用药物可能发生不良反应，影响预后。

免疫功能对外来抗原应答过于强烈，则发生超敏反应，即俗称的过敏，轻则引起一过性的皮疹、鼻炎、消化不良、呕吐腹泻等，重则引起过敏性休克和严重的喉头水肿、哮喘、过敏性休克，危及生命。

可用抗组胺药物和糖皮质激素缓解。

如能明确过敏源则应避免再次接触，或试行脱敏疗法。

对于慢性过敏性疾病如慢性湿疹、鼻炎如过敏原不明则无有效治疗手段，多为对症抗过敏治疗。

如可明确过敏原则通过避免接触、脱敏疗法或可治愈。