公司自建档案，是为了本公司的工作需要，主要用于企业日常管理，但在人才流动中，这样的档案是流动人才每换个单位就要新建一次的，并不能为个人提供诚信记录或者是工作业绩的认证，与国家正规的人事档案没什么关系。

人事档案应该只有一份，也就是你在市教育局的那份。

人事局算工龄需要你补办一些手续，比如补人事代理手续，转正定级和档案工资调整手续等，具体你要联系当地人事局问明白，工龄从毕业之日起算。