主要区别有，性质不同、优缺点不同、用途不同，具体如下：

一、性质不同

1、蒸馏水

是指经过蒸馏、冷凝操作的水。

2、矿泉水

是从地下深处自然涌出的或者是经人工揭露的、未受污染的地下矿水。

二、优缺点不同

1、蒸馏水

蒸馏水的制作是把源水煮沸后令其蒸发冷凝回收，要大量耗费热能，用于制作蒸馏水的源水中的其它遇热蒸发物质，也就随着蒸馏水的生成而冷凝到蒸馏水中。

如对健康有害的酚类、苯化合物，甚至可蒸发的汞等。

要想得到纯净水或超纯水，必须经过二次、三次的蒸馏还得增加其它纯净手段。

同时，常饮蒸馏水就等于放弃了从水中获得人体所需的微量元素的5%的来源。

2、矿泉水

经科学测定，人体血液中各种元素，微量元素平均值与地壳中元素的丰度值密切相关。

矿泉水消解了地壳中相关地层的矿物质，所以矿泉水中所含人体必需的微量元素和矿物质也最接近人体中所起作用不亚于维生素。

三、用途不同

1、蒸馏水

①、在生活中，一般和机器、电器相关的时候，蒸馏水的作用主要是它不导电，保证机器运行稳定，延长电器使用寿命。

②、在医药行业 ，蒸馏水的作用是因为低渗作用。

用蒸馏水冲洗手术伤口，使创面可能残留的肿瘤细胞吸水膨胀，破裂，坏死，失去活性。

③、学校里的化学实验，有些需要用蒸馏水，利用的就是蒸馏水无电解质，没有游离离子，或是没有杂质。

你需要具体问题具体分析，看看是利用它不导电的性质，还是低渗作用，还是没有其他离子，不会发生化学反应的作用。

2、矿泉水

主要用于饮用水，主要食用功效是补充人体营养。