常见的致畸因素包括微生物(如病毒)、药物和某些化学制剂、某些金属和放射性物质等。

药物约占1.5％，物理化学物质占1%；病毒及妊期疾病占1—3％，原因迄今末查明者占65％。

值得注意的是，约20的致畸因素来源于父母的遗传性疾病而不是外环境的致畸因素。

畸形的类型取决于致畸因素的种类及其作用时期。

例如风疹病毒主要导致白内障、耳聋和心脏畸形，而先天性巨细胞病毒主要损害中抠神经系统产生小头畸形或脑积水。

至于致畸因素的作用时期在往在怀孕早期(头三个月)，因为此时器官分化发育迅速，对外界致畸因素最敏感。

当然不同的器官系统还有相应的致畸敏感期，例如神经系统为受精后15~77天，脑为受精后20~40天，眼为受精后24~39天，四肢为受精后24~46天，外生殖器为受精后36~98天等。

受精后8周胚胎完成了除神经系统和生殖器官以外的器官的分化进入胎儿期，对外界致畸因素的敏感性相对降低。

到孕后12周，外界致畸因素的影响就更小一些。

引起胎儿畸形的因素很多，诸如遗传性高危因素的孕妇，如35岁以上孕妇；有胎儿畸形家族史或以前分娩过畸形儿者；夫妇本身患有先天性缺陷者，如脊柱裂、先天性心脏病等；夫妇患有糖尿病者；孕期尤其是孕早期（3个月以内）接触过致畸物质，如射线、农药、酒精等或服用了避孕药、抗癫痫药，孕早期母体感染（如风疹病毒感染）等