工程硕士合作教育的学位论文不仅是检验培养质量的重要指标，也是在职研究生综合运用所学知识分析问题和解决专业领域实际问题能力的重要体现。工程硕士在职研究生必须结合实践环节中遇到的实际问题进行学位论文工作，在校内导师和校外导师的双重指导下，论文选题要求注重应用性，具有明确的实践意义和应用价值。经过认真调研，专家反复论证，学校制定出了切实可行的工程硕士学位论文评价体系，将学位论文选题分为工程规划、工程勘测、工程设计、工程施工、工程/项目管理、产品研发、应用研究、调研报告等八种类型，根据每种类型的特点分别将一、二级评价指标细化、具体化，提高工程硕士在职研究生学位论文规范化和科学化水平。

在论文写作过程中工程硕士应进行三次专题汇报，即开题报告、中期检查、论文预答辩。学位论文经校内外专家评审通过后方可申请答辩，在答辩委员会成员中，必须有相关行业实践领域具有高级专业技术职务的专家，着重考查答辩者对所研究领域的熟悉程度、对所提问题的理解程度以及回答是否具有针对性和准确性等。