盆腔子宫内膜异位症的主要病理变化为异位症的子宫内膜，随着卵巢激素的变化刺激现在出血，病灶局部反复的出血和缓慢的吸收导致周围纤维组织增生，粘连，出现紫蓝色的斑点或者是水泡，发展成为大小不等的实质性的瘢痕，结节或者是形成囊肿。

所以在临床上手术开下来以后，可以看到沉积的血液一直在囊肿里面形成咖啡色一样的液体，所以临床上也称为巧克力囊肿，但是如果出现新鲜的出血的话，可能会为暗红色的，稀薄状的，另外手术中可以发现囊肿与卵巢的组织粘连的比较厉害。