肾结石引起尿路感染首先要控制感染然后在再治疗结石，由于尿石症复杂多变，结石的性质形状，形态大小部位不同，泌尿道局部各异，病人的个体差异等因素，治疗方法的选择以及预计疗效存在很大的不同，有的仅多饮水就可以自行排出结石，有的要采取开放手术也未必能取尽结石，因此对于尿石症的治疗必须实施病人个体化的治疗方案，有时需要综合治疗。

一般的结石小于0.6cm，光滑，无尿路梗阻，没有感染，纯尿酸结石以及胱氨酸结石可以先使用保守疗法，直径小于0.4cm光滑的结石，90%能够自行排出。对于体外冲击波碎石，适用于肾输尿管上段的结石，输尿管下段结石治疗的成功率比输尿管镜取石要低。

对于结石远端尿路梗阻、妊娠、出血性疾病、严重的心脑血管疾病、安置心脏起搏器者、血肌酐大于265μmol/L 、以及急性的尿路感染、育龄妇女输尿管下段结石等、过于肥胖、肾位置过高、股关节严重畸形、结石定位不清等，由于技术性原因，不适合应用体外冲击波碎石治疗。

其他的治疗方式还有经皮肾镜取石，输尿管镜取石或者是碎石腹腔镜输尿管取石，以及开放性手术治疗，要根据病人的具体情况具体制定。