尽管连锁分析在实际研究中已经证实可靠有效，但在对于复杂疾病的研究中，却

存在很大的局限性。

首先，连锁分析更适用于单基因疾病的遗传研究，而在目前

已知的疾病当中，复杂疾病占了绝大多数。

其次，连锁分析对于致病性高、数量

少的遗传变异具有较好的适用性，但对于中效甚至弱效的突变则显得力不从心。

最后，通过连锁分析在染色体上的定位通常是cm级别，也就是百万个碱基对，这

其中包含的成百上千的基因，要精细定位出突变位点仍有很长的路要走。

因此对

于复杂疾病，连锁分析只能提供部分参考性意见。