（一）经济学作为新公共管理的重要基础，对于新公共管理的价值取向具有非常重要的影响，但由于经济学理论在新公共管理学应用范围存在较大局限性，不仅忽视了公共部门和私有部门之间的本质差距，因为新公共管理范围内，公共服务的对象主要包括消费者，但是公共服务的对象却并不仅仅包括消费者，还包括其他的公民，所以新公共管理存在单位价值取向的缺陷。

而且也会导致新公共管理及相关的改革措施具有局限性，造成公共管理部门价值判断和价值适用准则会产生矛盾与冲突。

（二）功能性组织存在碎片化

尽管公共管理在一定程度上改变了官僚制度，但是没有针对相应的结构进行优化在很大程度上，甚至强化了功能性组织模式，也就会烧成公共管理，存在碎片化治理的缺点，由于不同机构之间干预不恰当，造成公共服务管理职能存在相互推诿的问题。

（三）公共管理呈现企业化的方式

由于公共管理部门和私有管理部门在本质上存在较大差距，所以在管理途径方面，通过企业化的运作，能够有效避免官僚机制存在的效率不足问题，但是由于企业化的运行，没有充分的考虑到公民和公共行政需求的复杂性，所以导致行政管理存在严重危机，以市场为导向的公共行政或者管理，存在较大矛盾冲突。