你填一张还款收据，让借款人签字（一式三联，你保留存根联，其余两联分别交给财务会计和借款人），在现金日志中的借方栏中把还款做进去，贷方中做借款人的应发工资，（前提是以前借款你做了帐的）但实际工资发放要扣除借款。

工资表按应发工资数让他签字就好了。

这样账面上就相当于你发了他应发工资后，他把借款还你了。